Forskare vid Sydneys universitet arbetar på att göra forskningsdata brett tillgängliga genom Amazon Web Services, med målet att snabba på räddningsarbetet för den utrotningshotade koalan.
Dr Carolyn Hogg har aldrig låtit utmaningar avskräcka henne.
Som senior forskningsansvarig för Australasian Wildlife Genomics Group på Sydneys universitet, vill hon helst bara göra sitt jobb och få saker att hända. Ibland krävs det nya lösningar för det. När Sydney gick in i en strikt lockdown under sommaren 2021 satt en uppsättning koala-biopsier fast i Queensland.
”Jag kunde inte ta mig till Queensland, men jag har en kollega där som är kemist. Jag gav honom och en av hans doktorander – som också är kemist – en lektion i hur man tar prover på biopsier över Zoom.” berättar Hoggs. ”Ingen av dem hade gjort det tidigare, men de lyckades ordna proverna och skickade dem till mitt hus så att vi kunde fortsätta vårt arbete med dem. Det var en helt ny nivå av forskningssamarbete.”
Dr Carolyn Hogg
Proverna används för en kartläggning av genetisk arvsmassa hos 450 koalor. Datan skall göras tillgänglig utan kostnad för forskare över hela världen genom Amazon Web Services (AWS) Open Data Sponsorship Program. Med hjälp av internationella samarbeten och samarbete över olika forskningsdiscipliner finns det hopp om att snabba på utvecklingen för att skydda de allt mer hotade pungdjuren.
”Vi vet att ju större den genetiska mångfalden är inom arten, desto bättre förmåga har den att anpassa sig till det som väntar runt hörnet. Vi letar efter sätt att ge utrotningshotade arter som koalan så mycket genetisk variation som möjligt så att de kan anpassa sig till framtida utmaningar.” säger Hoggs.
Kartläggningen är uppbackad av Australiens och delstaten New South Wales regering som en del av deras mål att fördubbla koalapopulationen innan 2050, och den bygger på tidigare forskning från 2018 där man tog fram en referensgenom.
”Koalor från Queensland tenderar att vara lite mindre och brunare till färgen, medan i Victoria är de ofta större, grå och fluffiga” säger Hogg. ”Nivån av variation har lett till att många forskare trott att de är olika arter, tills referensgenomen togs fram och bevisade motsatsen.” Hoggs fortsätter, ”Genom att nu ta fram ny, bredare data kan vi börja ställa frågor så som ’har koalor som bor västerut egenskaper som vi inte ser på östkusten, där det är kallare och blötare – och kan de potentiellt vara viktiga för att hantera klimatförändringarna?’”
Planen var att ha släppt alla 450 uppsättningar av genomsekvenser genom AWS Open Data Sponsorship Program i slutet av 2021. Covid-19 har försinkat projektet något, men den första uppsättningen finns nu tillgängliga för forskare.
”Det bästa sättet att säkerhetsställa koalapopulationen är egentligen att sluta fälla deras träd” säger Hogg. ”Men även om många av oss helst skulle vilja se att det händer, så måste vi vara realistiska. Vi kan inte stoppa utvecklingen. Vi måste hitta flera kreativa lösningar, och inte vara fastlåsta vid de verktyg vi utvecklade på 90-talet.”
För Hogg innebär det att använda molntjänster för att göra data och forskningsmaterial tillgänglig för så många forskare som möjligt, oavsett deras bakgrund eller hur mycket IT-resurser de har tillgång till själva vid sina egna institutioner.
”Jag började att arbeta med AWS moln eftersom jag hade så mycket data som jag inte kunde hantera effektivt med de IT-lösningar jag hade tillgång till.” Hon tillägger ”Med molnet kunde vi reducera vår analystid från tio dagar till bara fem timmar.”
Idag leder Hoggs projektet ”Threatened Species Initiative” som syftar till att tillhandahålla genetiska data för några av Australiens mest hotade arter. Projektet sjösattes i maj 2020 och har redan genererat forskningsdata för 62 arter, som kommer att göras tillgängliga genom AWS Open Data Sponsorship Program i framtiden.
”Överlevnaden av den mänskliga arten hänger på överlevnaden av planeten, som i sin tur är mycket beroende av vår förmåga att bevara en mångfald i ekosystemen. Det är lätt att fråga sig ’varför ska vi bry oss om att bevara den här arten’? men hur många arter är vi redo att förlora innan vi inser att ’oj, nu har vi förlorat ett helt ekosystem’?”
Ändå känner hon optimism inför framtiden.
”Som en grupp är vi människor mycket kapabla att förändra något när vi vill. Vår förmåga att anpassa oss till den förändrande miljön finns där, det krävs bara vilja”, säger Hogg.
